Prírodné podmienky
Geológia a geomorfológia
Najvyšší vrchol v Slovenskom raji je Ondrejisko (1270,6 m). V centrálnej časti dominuje výhľadový vrchol Havrania skala (1155,6 m), vo východnej častí ochranného pásma Vel'ká Knola (1265,9 m). Najvyšším vrcholom na území národného parku je Predná Hol'a (1545,6 m). Najnižším miestom je údolie Hornádu pri Smižianskej Maši (470 m).
V geologickej stavbe územia prevládajú triasové vápence, v menšej miere aj dolomity. Práve v oblastiach budovaných vápencami sú dobre zachované zvyšky povrchového reliéfu spred mnoho miliónov rokov. Najstarším je mierne zvlnená severozápadná časť planiny Glac, kde sú zachované relikty staropaleogénneho reliéfu. Rozsiahlejší starý reliéf, z mladších treťohôr zaberá územie planín vyššej úrovne ako Glac, Geravy, Skala, Pelc a iné. Sú dotvorené krasovými javmi ako závrty, úvaly, ponory, škrapy, vo veľkej miere aj podzemnými krasovými javmi - jaskyne a priepasti. Unikátny je jaskynný komplex Stratenskej jaskyne. Celkovo je evidovaných okolo 280 jaskýň a priepastí. V reliéfe dominujú dve geomorfologické formy. Spomenuté krasové planiny a riečne doliny, ktoré územie rozčlenili. V okrajových častiach dominujú kaňony riek Hnilec a Hornád. Do okrajov planín sa zarezali tiesňavy ako Vel'ký a Malý Sokol, Kyseľ, Piecky, Suchá Belá a iné. Zdobia ich vodopády, skalné stupne, kaskády a pereje.
Klimatické podmienky
Územie patrí do mierneho klimatického pásma na rozhraní medzi oceánskym a kontinentálnym typom podnebia. Dochádza tu k stretu relatívne suchšej oblasti Hornádskej kotliny a vlhšej oblasti Slovenského Rudohoria. Charakteristickým prvkom je teplotná inverzia, kedy v údoliach a kaňonoch je nižšia teplota než na vrcholoch a hrebeňoch. Priemerná ročná teplota je nad 6,5 °C. Najteplejší mesiac je júl (16-17 ˚C), najchladnejší január (-5 až -6 ˚C). Ročný úhrn zrážok sa pohybuje okolo 850 – 900 mm. Najviac zrážok je v júni, najmenej vo februári. Zimy bývajú tuhé, často s množstvom snehu a predĺžené na úkor jesene a jari. Najkrajšie obdobie s najstálejším počasím je koncom leta a začiatkom jesene.
Fauna
Zo zoogeografického hľadiska patrí územie do eurosibírskej podoblasti, kde dochádza ku stretu zóny horskej, stepnej aj zóny listnatého lesa. Udivujúcu pestrosť fauny predstavuje viac ako 4 000 druhov bezstavovcov a okolo 200 druhov stavovcov. Ďalej bolo zistených približne 400 druhov chrobákov, 40 druhov cicavcov, 100 druhov vtákov, 8 druhov obojživelníkova 6 druhov plazov. Medzi stavovcami sú pýchou chránené druhy ako rys ostrovid, vydra riečna, mačka divá. Vyskytujú sa tu viaceré významné druhy - karpatské endemity ako fúzač zemolezový, aj glaciálne relikty z doby zaľadnenia ako motýľ jasoň červenooký. V hojnom počte sa vyskytuje diviačia a srnčia zver, líška a zajac. Jaskyne ukrývajú viacero druhov netopierov. V Hnileckej vodnej nádrži žije viacero druhov pstruhov, sivoň americký, ostrieže, belice, jalce a rôzne plevelné ryby.
Flóra
Územie predstavuje jeden z najcennejších komplexov západokarpatskej kveteny s veľkým bohatstvom druhov. Vzácny je výskyt viacerých druhov karpatských a západokarpatských endemitov a subendemitov. Vyskytuje sa tu okolo 1000 druhov vyšších rastlín, 120 druhov machorastov, 300 druhov húb, 80 druhov lišajníkov. Viacero druhov rastlín je však už v zozname ohrozených druhov. Napríklad kosatec bezlistý, jazyčník sibírsky, lykovec voňavý. Charakteristickou črtou najatraktívnejších lokalít - tiesňav, kaňonov a úzkych hlbokých dolín – je teplotná inverzia. Jedná sa o teplotný zvrat pásiem, kedy chladnomilné vysokohorské a vlhkomilné druhy sa nachádzajú v nižších polohách a naopak vo vyšších polohách prevládajú teplomilné druhy. Lesné spoločenstvo zastupuje kopytník európsky, lipkavec marinkový, z ohrozených druhov Ľalia zlatohlavá, črievičnik papučkový. Pestrú vegetáciu lúk, slatín a rašelinísk zastupuje šafran spišský, orlíček obyčajný, vo vlhšom prostredí prvosienka pomúčená - všetko chránené druhy.
Na lesnej pôde rastie smrek, jedľa, borovica, tis. Iba na upätí kopca Kyra sú listnaté stromy – buk, javor a lipa. Lesy sú bohaté na lesné plodiny – maliny, černice, čučoriedky a brusnice.
